Windows ME to uaktualnienie do Windows 9x, a większość oprogramowania dla Windows 95 i Windows 98 będzie działać z Windows ME. Mówimy „większość”, ponieważ oprogramowanie takie jak program antywirusowy lub inne narzędzie zaprojektowane dla Windows 9x nie będzie działać (lub działa dobrze) w Windows ME. Struktura plików i pliki konfiguracyjne uległy nieznacznej zmianie w systemie Windows ME. Jednak gry, programy i inne oprogramowanie będą działać w systemie Windows ME. Jeśli oprogramowanie nie działa, powinno mieć aktualizację umożliwiającą jego działanie.